Nel 1278 fu ammesso come frate laico nell'Ordine Francescano dei frati Minori. Questo, dopo la morte di Francesco nel 1226, era dilaniato da lotte interne tra gli Spirituali, rigidi osservanti della regola di S. Francesco, il quale in diverse occasioni indicò ai suoi seguaci di seguire la via della povertà assoluta, ed i Conventuali, interpreti moderati e pronti ad attenuare il rigore pauperistico della regola del Santo. Questi ultimi erano guidati dal già citato Matteo da Bentivenga, nativo della vicina Acquasparta.

Jacopone si schierò fra gli Spirituali e di ciò ci informa Angelo Clareno nella sua Chronica: «Placuit generali ministro et omnibus principalioribus fratribus in quibus Christus et eius spiritus inhabitare firmiter credebatur, et praesertim fratri Corrado de Offida, Petro de Monticulo, Iacobo de Tuderto, Thome de Trivio, Corrado de Spoleto et reliquis, qui ad puram regule observanciam aspirabant, quod ad summum ponteficem Frater Petrus de Macerata et socius eius [Petrus a Fossombrone] accederent». Iacopone era perciò considerato fra i più autorevoli esponenti del movimento e con loro condivise le speranze di una riforma della Chiesa dopo l’elezione a pontefice dell’eremita Pietro da Morrone, anche se Jacopone stesso aveva dei forti dubbi, scritti in una delle sue laude, sulla scelta di un “semplice” eremita per la nomina a Papa.